在明日方舟中，要更改代理指挥的配置，需要先结束当前代理指挥，然后手动进行关卡操作，并重新设置代理指挥。游戏目前不支持直接编辑代理指挥的配置。
明日方舟的代理指挥系统是一个方便玩家自动重复通关已有关卡的功能。一旦玩家手动通过了一个关卡并设置了代理指挥，游戏就会记录下这次的操作过程，并在之后的战斗中自动重复这些操作。
然而，代理指挥的配置并不是可以直接编辑的。如果玩家想要更改代理指挥的行为，必须先结束当前的代理指挥。这通常意味着玩家需要重新进入关卡，并全程手动进行操作。在手动操作的过程中，玩家可以更改干员的部署位置、技能释放时机等各方面的策略。
举个例子，如果在一个关卡中，代理指挥总是让某个干员在错误的位置释放技能，导致战斗失败。玩家就需要先取消代理指挥，然后手动操作这个关卡，确保干员在正确的位置和时机释放技能。当手动成功通关后，重新设置代理指挥，这样代理指挥就会按照新的操作过程来执行。
虽然这种方法间接且稍显繁琐，但它确保了玩家对战斗过程有完全的控制权，并能够根据需要灵活调整战术配置。这在一定程度上增加了游戏的策略性和可玩性。
