明日方舟牧群是作为梅菲斯特手下的彻底失去理智、会袭击并感染自己人的怪物。梅菲斯特的源石技艺较为独特，其最可怕的能力是以源石技艺操纵感染者使之变成牧群，丧失一切感情与痛觉，只听从梅菲斯特一人的命令，并且获得再生能力。
此外该能力还能进一步侵蚀牧群的意识，使他们变成完全没有感情、无论敌我一并攻击的强化个体，并能够通过伤害他人使之变成牧群的一部分。
背景设定：
泰拉世界普遍存在一种矿物， 大部分呈黑色半透光晶体。源石都蕴藏着巨大的能量， 是引发天灾的首要因素。长期接触源石及其工业衍生品，会使人更容易得一种被称为“矿石病”的不治之症。患上矿石病的人被称为“感染者”。
罗德岛制药公司是一家注册医药研发公司。 罗德岛在公开的资料中声称正在研究可以应用于各个国家、组织或个人遭遇的感染者问题的医疗方案,因此在各国范围内广招贤士，不管资历，无论感染。
同时，罗德岛也为其雇员提供良好的医疗与生活条件以及最先进的研究设备，这吸引了许多走投无路的感染者和立志改变感染者处境的有能人士。
在游戏中，玩家将作为罗德岛的领导者“博士”，带领罗德岛的一众干员救助受难人群、处理矿石争端以及对抗整合运动。在错综复杂的势力博弈之中，寻找治愈矿石病的方法。
