药水有四层，它们是基础、延长版、二级、还原版。对于大多数的药水，延长版的药水能通过对酿造台的药水加入红石粉获得，而二级药水需要萤石粉。如果对延长版的药水加入萤石粉，或对二级药水加入红石粉，它们会在许可的情况下变成其他效果，或变成还原版的药水。
大部分药水能通过加入发酵蛛眼被"腐化"，这通常会产生与原效果相反的负面效果(例如：治疗变伤害)。腐化的药水和普通药水一样有四层，而药水在腐化后，层数通常会被保留。
